公司繳納的是企業職工社會保障體系，包含養老保險，生育保險，失業保險，醫療保險，工傷保險以及住房公積金(新增年金)。企業職工到達退休年齡后，按月領取退休金。農村交的是農民養老保險，年滿六十歲后按月領取養老補貼。
由此可見，企業職工養老保險和農保是兩個完全獨立的醫保體系，除了都是必須繳滿十五年外，其本質是完全不同的，所以不能連接。
象你這種情況，現在只需繳納企業社保即可，暫時封存農保賬戶。如果你一直在企業干到六十歲，那你還差一年的保險費，不管是選擇掛靠公司代繳，還是個人續繳一年后即可辦理退休手續，領取退休工資。當然也有可能到那時候退休年齡延長，那你就不用補繳就可退休。此時再去申請農保部門退費，他們會連本帶利退還給你。
如果你在企業干幾年后，因為某些原因不干了或你不想干，要回農村去，那么你就在辦理離職手續后，請公司協助辦理轉移手續，把個人賬戶里的養老保險費轉回老家，并入農保里(以前可領取現金回家，現在只能轉移)，繼續繳納農保，因為農保是多繳多得的。
如果你在企業繳納社保滿十年后不干了，你可以選擇讓代理公司代理續繳五年后，到原單位所在地社保局辦理退休手續，領取退休工資。
總之，政策一直在往對農民好的方向發展，具體到時候可咨詢當地社保局，選擇最有利于自已的方式辦理手續。